Спеціальному агенту Дані Скаллі, доктору і викладачеві академії ФБР у Вірджинії, доручають роботу в парі з агентом Фоксом Малдером над проектом "Секретні матеріали", архівом таємничих, невирішених справ ФБР, які найчастіше пов'язані з паранормальними явищами, випадками вампіризму та перевертнівства, нападом генетичних мутантів, свідченнями про викрадення людей прибульцями... Малдер вірить у прибульців і намагається переконати скептика Скаллі, що не все і не завжди піддається розумному поясненню.